可以通过三联疗法或者四联疗法来彻底消灭幽门螺杆菌，三联疗法是两种抗生素加一种质子泵抑制剂，抗生素常选用青霉素类、大环内酯类、喹诺酮类、硝基咪唑类，抑酸剂常选用奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑等。临床上常选用阿莫西林加克拉霉素加雷贝拉唑的三联疗法，进行抗幽门螺杆菌治疗，疗程为10-14天，大部分情况下可以彻底消灭幽门螺杆菌。但是小部分患者存在着耐药等原因导致治疗失败，此时应该更换抗生素，并同时加入铋剂，比如胶体果胶铋、铝酸铋等来再次杀灭幽门螺杆菌。
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