毛囊炎是细菌感染性疾病，尖锐湿疣是HPV(人乳头状瘤病毒)感染的疾病，两者临床表现不同。毛囊炎是毛囊部位感染，有炎症反应，有红色的凸起性丘疹，表面光滑。在炎症较严重的情况下还会出现脓疱，脓疱破溃后可能出现出血，整个毛囊炎可以是单发，少数情况下多发，皮疹按压部位有疼痛。
而尖锐湿疣是病毒感染，是疣状增生，表面不光滑、粗糙，颜色以灰白色为主，或苍白色、灰褐色，少部分在黏膜区域可能会出现粉红色。尖锐湿疣没有明显细菌感染的炎症，不是细菌感染，不会出现脓疱，也不容易出现脓疱破溃后的出血。
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