女性月经期头痛的原因主要是两方面，一方面是雌激素的水平波动，另一方面是前列腺素机制。女性的雌激素在经期是呈周期性变化的，一般雌激素水平每个月经周期波动两次，一次是在排卵期左右，一次是在黄体后期。
在月经期偏头痛的发作，是由于雌激素水平波动所导致的雌激素撤退效应。因此，有人认为调节雌激素水平可以防止经期头痛发作。据此理论，临床上应用曲坦类药物治疗经期头痛的原因就在于此。
另外，在经期头痛的机制里还有前列腺素释放机制。前列腺素由子宫内膜和免疫细胞分泌，作用于三叉神经感觉纤维，易出现头痛的发作。因此，经期头痛的主要原因是雌激素的撤退和前列腺素的释放机制。
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