肾穿刺的方式有多种，目前国内、外普遍采用的是经皮肾穿刺活检术。肾穿刺时患者需要俯卧在活检床上，在肾区位置，也就是腹部肋缘下垫一棉枕，5-10cm高，减少肾脏的移动，双上肢置于两侧，头向一侧偏斜。然后肾穿刺的操作医生会给患者穿刺的局部皮肤进行消毒，B超医生会进行B超检查，观察肾脏结构并进行穿刺针的定位。定位好后就会采取局部逐层麻醉的方式进行局麻，局麻好后穿刺针会在定位的地方以斜角进针的方式进行穿刺，取出少数肾组织。肾组织会送光镜、电镜及免疫病理检查。
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