CT检查和核磁检查，区别在它们成像原理不同。核磁的成像原理是利用人体的水分子中的氢质子运动，产生的灰阶图像。CT是利用X射线穿透人体，被人体所吸收和穿透力不同，所产生灰阶图像。这两种检查的侧重点也不一样。比如核磁对于软组织部分的成像比较有优势。同时它是一个多参数的成像，大家可平时看到的有T1图加权图像、T2加权图像，同时它还可以做多方位的成像；CT成像大部分的时候都就是轴位扫描成像，当然现在CT的扫描层厚和层距都非常薄，所以它也可以做多方位的重建。在人体中医学检查的应用中，像进行肺部检查的时候，核磁它就没有CT优越性，在颅脑检查的时候，核磁检查比CT就更具有优越性，这就是它们之间的区别。
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