慢性肠炎的首先需要鉴别是普通的细菌性肠炎，还是溃疡性结肠炎、克罗恩病，若要明确诊断，金标准是肠镜加活检。普通的肠炎，肠镜没有什么特殊改变，粪便培养可分离出致病菌，抗生素治疗效果显著，患病期间需要禁食、水。溃疡性结肠炎肠镜可见全结肠及末端回肠连续性、弥漫性分布的浅溃疡，治疗的主要方法是5-氨基水杨酸(5-ASA)，比如柳氮磺吡啶、美沙拉嗪，急性期可以用激素、免疫抑制剂等。克罗恩病，肠镜检查可见末端回肠和邻近结肠的节段的非对称性，呈鹅卵石样分布的溃疡改变，治疗同溃疡性结肠炎相同。
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