体外冲击波碎石对身体危害不大，通常病人在做体外冲击波碎石时会有轻微皮肤损伤，会出现皮肤红肿，局部会有破损现象，但对内脏和身体组织器官影响较小。体外冲击波碎石原理是利用介质改变释放能量，将较硬的介质打碎。冲击波碰到组织时，由于组织和水囊密度相似，通常不会释放较多能量。当在组织中碰到较硬的结石时，会释放能量将结石打碎。
体外冲击波碎石病人常常会有轻微的肉眼血尿症状，这是由于在碎石时会同时引起肾脏、肾盏黏膜损伤，会出现轻微出血症状。通常病人在大量饮水或休息后，上述症状会明显好转。体外冲击波碎石对身体影响不大，但不建议孕妇进行体外冲击波碎石，容易对胎儿造成不良影响。
