单心室的发病率是比较低的，基本一千个人中会有一个发病的，发病率为百分之零点一五。但是不同地区的医疗水平和生产前的产检水平不一样，会对这个疾病的发病率造成一定的影响，因为发展比较好，医疗技术成熟的城市，可以在孕早期发现这个疾病，终止妊娠。而发展比较落后的地方，疾病检出率低，所以出生后患儿的发病率就会高一点点，可能百分之零点二。另外，单心室的发病率还和地区的人们的饮食习惯、工作性质等相关，比如大城市，因为女性在孕早期工作时接触射线等有害物质，会导致单心室的患病率增加。
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