不明原因的低烧的三大方面疾病包括感染、肿瘤和免疫系统疾病。感染按照病原体又可以分为病毒感染、细菌感染、结核菌感染以及各种各样其他病原体的感染。按照感染的部位也可以分为中枢系统感染、肺部感染、骨关节感染、腹腔感染等等多个部位的感染。而肿瘤方面既包括实体脏器的肿瘤，也包括血液系统肿瘤，比如淋巴瘤。免疫病主要指自身免疫功能失调所导致的发烧，比如系统性红斑狼疮，还有皮肌炎、血管炎，这些都可以导致不明原因的发烧。
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