甲功三项和甲功五项的区别在于甲功五项比甲功三项多查了总T3和总T4。甲功三项主要查的是游离T3、游离T4和促甲状腺激素，甲功五项主要查的是总T3、总T4、游离T3、游离T4和调节甲状腺激素合成分泌的促甲状腺激素。
机体真正发挥作用的是游离T3、游离T4，总T3和总T4是甲状腺激素与蛋白质结合的产物。一般来说，当游离甲状腺激素耗竭时，结合的这部分总T3、总T4就会转变成游离甲状腺激素来完成机体甲状腺激素的作用。甲状腺激素是维持人体代谢的兴奋性激素，甲状腺激素过高、过低都属于病理状态。
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