脑肿瘤三维适形放疗后，可引起脑膜炎、脑水肿、脑组织损伤或者其他一些严重并发症、后遗症等，出现头痛、头晕、呕吐、精神性格变化等反应。病情严重者可导致脑组织坏死产生认知功能、精神运动功能损害。但三维适形放疗精度较高，出现严重并发症的可能性很小，对正常脑组织损伤相对较小，放疗中可根据患者情况应用营养脑神经或者减轻脑水肿的药物等，可有效减少并发症。
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