胆总管囊肿手术主要是用肝管、空肠的Roux-en-y式吻合术的手术方法切除胆囊、胆总管囊肿。手术的后遗症主要分为早期的并发症和晚期的并发症，早期的并发症主要是跟手术相关的，如刀口的感染、腹腔的感染、肺部的感染以及肝管、肝总管、空肠吻合的地方不愈合、吻合口漏、胆汁漏等并发症。胆总管囊肿手术后期也有并发症，因为需要把囊肿切除以后做胆管、空肠吻合，吻合以后，十二指肠后方的Oddi括约肌的功能已经被破坏掉了，所以十二指肠的内容物容易反流到胆管，形成反流性胆管炎，反流性胆管炎主要症状就是寒颤、发热。时间再长一点，胆管、空肠吻合地方，有的人有瘢痕体质，有可能会挛缩，形成吻合口的狭窄，病人出现反流性胆管炎的几率就更大，并且肝内容易形成结石，形成肝内胆管结石。
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