HPV感染引起的临床疾病主要是各种疣类疾病，对于疣的治疗方法主要包括液氮冷冻、二氧化碳激光、光动力治疗和手术治疗等。疣的种类较多，发生在不同部位时表现不同，包括寻常疣、跖疣、尖锐湿疣等等。疣的首选治疗是液氮冷冻，用极低温的液氮将突出的疣体组织冻伤冻死，从而脱落，治疗后可能在局部形成一个水疱或血疱，结痂脱落后即可。二氧化碳激光是用激光的热效应，去除肉眼可见的疣体，如果疣体的范围较大，单纯冷冻或激光难以治疗，则需要考虑手术的方法。一般由于疣是属于病毒感染，去除疣体后仍有病毒未清除，有时需要联合光动力的治疗方法，比如尖锐湿疣容易复发，联合光动力治疗可以有效的减少复发。
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