肠炎的诊断应该根据病史和临床表现初步加以判断，其临床表现多为腹痛、腹泻、黏液便或脓血便，有的患者还会出现里急后重感及发热等情况。进一步的确诊则需要依赖实验室的检查，细菌性肠炎可以做呕吐物及大便的培养，沙门菌感染可以做血培养。病毒性肠炎可以选择电子显微镜、免疫电镜及血清学检查，比如补体结合试验、酶联免疫吸附法等来检查病毒的抗原和抗体，寄生虫性肠炎可以直接做镜检，寻找病原体和虫卵。
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