萎缩性胃窦炎的治疗原则是抑制胃酸分泌、保护胃黏膜、对症及中医药治疗。抑制胃酸的分泌，常常应用质子泵抑制剂或者H2抗体阻断剂，即奥美拉唑、雷贝拉唑、西咪替丁、雷尼替丁等。保护胃黏膜的药物包括硫糖铝、果胶铋等。如果合并幽门螺旋杆菌感染的患者，还应该抗幽门螺旋杆菌治疗，采用一种或者两种抗生素加质子泵抑制剂联合治疗。常用的方案为阿莫西林加奥美拉唑，阿莫西林加克拉霉素加+奥美拉唑，奥美拉唑可以替换成雷贝拉唑，或其他质子泵抑制剂。萎缩性胃炎缓解很难，大部分会逐渐发展。中医药治疗和规律的疗程治疗，可能对病情改善有重要作用。
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