尿肌酐偏低，常提示血中肌酐不能排出体外，是由于发生了肾脏损伤，包括急性肾衰竭、慢性肾功能不全，以及由于血液循环障碍导致的肾脏灌注不良而排泄障碍等。在急性肾功能衰竭时，由于肾脏缺血、肾后尿路梗阻以及急性肾小管坏死等，都可能导致肾脏发生功能损伤，使肌酐排泄明显降低，导致尿中肌酐偏低发生。
慢性肾功能衰竭发生后，由于肾小球硬化、肾小管萎缩和间质纤维化，失去了肾小球滤过功能，可导致血肌酐不能排出体外，而尿肌酐偏低，往往会有血肌酐明显增高，内生肌酐清除率下降。个别情况下由于充血性心力衰竭、肝硬化、肝功失代偿期等，血循环出现了障碍，可引起肾脏灌注不良，也会导致血肌酐增高，而尿肌酐偏低。
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