膀胱灌注化疗的副作用包括：
1、膀胱刺激症状，膀胱灌注化疗时化疗药物对膀胱黏膜都具有一定的刺激性，所以在灌注期间会出现明显的尿频、尿急，甚至小腹部疼痛的症状，部分患者可能因为疼痛而无法耐受灌注，需要暂停灌注或者改用其它药物进行灌注。
2、血尿，灌注以后可以出现局部黏膜破溃造成出血，出血可能来源于膀胱，也可能来源于尿道，因为每次膀胱灌注过程中都需要插尿管，增加了尿道损伤的风险性。
3、膀胱灌注化疗以后可以出现化疗的副反应，比如出现恶心、呕吐或者使用特殊类型的膀胱灌注化疗药物，还可以引起些相关性的疾病，临床上如果使用卡介苗进行膀胱灌注，有可能会增加患者患有结核的概率。
