肾细胞癌最常见的组织学类型就是透明细胞癌，大约占肾细胞癌的70%-80%。在显微镜下，这种肿瘤细胞的细胞质比较丰富，里面含有丰富的糖原、磷酯和中性脂肪等物质。这些物质在切片制作过程中会被溶解，从而使细胞呈透明状，所以被称为透明细胞癌。透明细胞癌随着恶性程度的增加，细胞质内的脂肪含量会逐渐减少，甚至会出现细胞明显的异型和核分裂象，透明细胞癌患者大约有75%可以发现VHL基因的突变。除了透明细胞癌之外，肾细胞癌还含有乳头状癌、嫌色细胞癌、集合管癌、未分化癌等其它的组织病理学类型。
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