肝癌标志物在临床上广泛应用的有甲胎蛋白、癌胚抗原、CA125三个指标。甲胎蛋白是原发的肝细胞肝癌重要评估指标，如果病人长期患有乙肝或长期酗酒，体检时发现甲胎蛋白突然升高，同时通过CT、磁共振上发现新兴的病灶，临床上高度怀疑肝癌。
癌胚抗原和CA125是肝内胆管细胞类型的恶性肿瘤的评估指标。而肝内胆管细胞癌与原发的肝癌是两种不同类型的癌症，虽然二者都发生在肝脏处，但胆管细胞癌的肿瘤标志物表现为癌胚抗原CA19-9、CA125的升高，在CT和核磁共振中也有不同于原发性肝细胞癌的表现。
总之，通过肿瘤标志物发现重大异常之后，需要进行影像学检查，必要时应进行肝细胞的穿刺活检，根据穿刺活检的结果选择是否进行手术，而不能进行手术治疗的病人可以进行化疗等下一步治疗。
