艾滋病初期的治疗主要是抗病毒治疗，有效的抗病毒治疗可以延长艾滋病的潜伏期，从而延长寿命，艾滋病的抗病毒治疗主要有替诺福韦、齐多夫定、恩曲他滨、依非韦伦片、奈韦拉平等药物。这些抗病毒药物有一定的副反应，大多数的副反应是有胃肠道症状，可以出现腹痛、腹胀、厌食等，一般症状比较轻微，不需要特殊治疗。
其它的药物，如替诺福韦可能会出现肾毒性，所以应该定期检查肾功和尿常规，齐多夫定有造成骨髓抑制的作用，所以应该定期检查血常规，及早发现红细胞、白细胞和血小板的变化，其他药物可能会造成神经系统的症状或者出现皮疹。
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