引起新生儿甲状腺功能减退的原因很多，有原发性的和继发性的，具体如下：
首先，是原发性的甲状腺功能减退，主要是由于甲状腺不发育或者是发育不全，包括甲状腺缺如和发育不良。
其次，是甲状腺激素合成障碍，又称家族性的甲状腺激素合成障碍，还有暂时性的甲状腺功能障碍，主要是因为暂时性的甲状腺激素分泌减少。
最后，还有暂时性的低甲状腺素血症、低T3综合征等等。
在继发性的甲状腺功能障碍中，主要是有脑发育异常，如有孤立的或者伴有其它促垂体激素缺乏、下丘脑功能障碍等等，也有些是孤立的或伴有其它的垂体激素缺乏，导致的新生儿甲状腺功能低下。
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