甲状腺过氧化物酶是甲状腺微粒体的主要抗原成分，其功能与甲状腺素的合成有关。抗甲状腺过氧化物酶抗体或抗甲状腺微粒体抗体，可能使甲状腺细胞损伤。检测抗甲状腺过氧化物酶抗体的方法与抗甲状腺球蛋白抗体类似，测定抗甲状腺过氧化物酶抗体的临床意义，主要对于慢性淋巴细胞性甲状腺炎、甲状腺功能亢进症、原发性甲状腺功能减退症有辅助作用。桥本甲状腺炎患者中查出甲状腺过氧化物酶抗体率可以高达90%，甲亢患者检出率可以高达40%-90%不等，检出率高的可能与部分病例属于桥本甲状腺炎相关。
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