多重耐药菌可能会传染给其他人，多重耐药菌的种类较多，包括结核菌、葡萄球菌及大肠埃希菌等，由于菌种不同，传染途径也存在差异。多重耐药的结核菌主要通过呼吸道传播，而部分则是通过消化道传播。
由于传播途径存在差异，所以预防多重耐药菌传染时，预防的重点也会有所不同。若属于呼吸道传播的多重耐药菌，应强调佩戴口罩并进行呼吸道隔离。若耐药菌通过消化道传播，应在饭前、便后以及接触病人后及时洗手。若周围人患有多重耐药菌感染，应给居室定时通风、定期消毒衣物，并在接触病人后洗手，以避免被传染。
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