根据真菌入侵组织深浅不同，分为表浅感染和深部感染。浅部真菌感染常根据病情需要口服或外用药物，常用的口服药物有氟康唑、伊曲康唑、特比萘芬，外用药物有复方酮康唑乳膏、萘替芬酮康唑乳膏、曲安奈德益康唑乳膏。
病情较轻或身体条件限制的可以只用外用药物，深部真菌感染首选的药物应该是两性霉素B，其他药物如氟胞嘧啶、球红霉素、氟康唑、伊曲康唑等，具体运用哪一种药物，口服还是注射用药，还要根据病情及具体真菌类型来决定。抗真菌药物有副作用，口服或注射用药前必须明确真菌感染，然后在医生指导下用药，有周期要求的需要定期监测肝肾功，如异常应及时停药。
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