肺部感染首选的抗生素，一定是依据临床症状、伴随体征、实验室检查结果、胸部X线表现的特点，推测是哪一种致病菌，而采取相应的抗生素。如推测肺部感染是由于衣原体、支原体、卡他莫拉菌、流感嗜血杆菌、军团菌等感染而导致，首选应该是大环内酯类的抗生素。
推测肺部感染是金黄色葡萄球菌感染而导致，要首选糖肽类抗生素。分析判断肺部感染可能是产ESBL阳性的病原菌而导致，首选的抗生素应该是碳青霉烯类抗生素。推测肺部感染是真菌感染所导致，首选的抗生素应该是抗真菌的药物。
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