百日咳主要是由百日咳鲍特杆菌感染引起的，所以它的治疗主要是抗感染，也就是抗细菌治疗。一般首选红霉素或罗红霉素，也可以应用磺胺类的复方新诺明制剂抗感染治疗。在抗感染治疗的同时，要注意对患儿进行适当的隔离，对密切接触的其他易感者，也要检疫21天。在卡他期或痉挛性咳嗽的早期，可以适当应用止咳、吸氧、止痉、排痰的治疗，严重的并发肺炎，甚至并发脑病的患者，要给予脱水和止痉等镇静处理。
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