外用的抗真菌药，由于吸收量极少，基本不会引起系统性的副作用。外用后有可能出现局部的皮肤反应，如轻微的发红、烧灼感或鳞屑，有些人可以出现严重的过敏反应。对于口服或者静脉应用的抗真菌药物，可以出现系统性的副反应，胃肠道的反应最为多见，例如恶心、腹泻、腹痛、消化不良、腹胀，有些人可以出现肝功能的异常和皮肤的过敏反应。非常罕见的副反应有白细胞减少、中性粒细胞减少、高血脂、耳鸣、肌肉疼痛、月经失调等，各种抗真菌药物的副反应的发生机率有所差别。患者在服用抗真菌药物之前应该检查肝功，对于肝功能异常者不要服用；怀孕以及哺乳期妇女最好不要服用。如果在应用过程中出现严重的副作用，应该及时就医，由医生考虑是否停药或者换用其他药物。
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