男性衣原体感染最常见的是非淋菌性的尿道炎和非淋菌性的前列腺炎，非淋菌性的尿道炎主要的临床表现是排尿时疼痛及尿道有分泌物，但是症状较淋病轻，尿道分泌物的特点是分泌物稀薄、量少，浆液性或稀薄、脓性、自行流出少，常要用手挤压尿道才能溢出。晨起尿道口有少许黏液性的分泌物，有的时候表现为痂膜封口，或者裤裆污秽，尿道口稍红，女性一般没有临床症状，主要表现在妇科器官上。如果男性衣原体感染可以并发非淋菌性的前列腺炎，也就是当急性尿道炎的症状缓解以后，仍然有明显的临床症状，比如排尿不适、尿道疼痛、有灼热、下腹会阴坠胀及疼痛等，考虑有非淋菌性前列腺炎的可能，需要进行相关的病原体检查来明确诊断，以做出进一步的处理。
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