扁平疣和宫颈癌都是由人类乳头瘤病毒引起的，但二者在病毒的型别、好发部位，以及临床表现上是完全不同的。扁平疣多是由人类乳头瘤病毒3型和5型引起，好发在面部、手背、上肢，皮损的特点是常常多发，是由芝麻粒或者黄豆粒大小组成，皮损是扁平、褐色的丘疹，表面没有鳞屑，比较光滑。
宫颈癌是由人类乳头瘤病毒16、18、31、33型引起的，好发于宫颈，也可以发生在阴道、外阴、肛周等部位。宫颈部位的乳头瘤病毒感染，皮损的特点是粉白色或者白色，隆起皮肤的菜花状或者鸡冠状的疣状增生物，表面是粗糙不平的，常常是单发或者多发。
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