做头颅核磁共振可以检查出脑梗塞，头颅核磁共振在脑梗塞发病数小时后就可以显示出T1低信号、T2高信号的病变区域，与CT相比头颅磁共振可以发现脑干、小脑梗死，以及小灶梗死。
功能性磁共振，如弥散加权成像和灌注加权成像，可以在发病后的数分钟内检测到缺血性的改变。头颅磁共振早期诊断的敏感性可达到88%-100%，特异性达到95%-100%，弥散成像和灌注成像显示的病变范围不同区域就为缺血性半暗带，需早期治疗，给予改善。
