肛瘘的形成原因主要是直肠肛管内黏膜化脓，形成脓肿感染，黏膜破损导致细菌沿黏膜破损处向周围延伸，至肛周皮下组织形成脓肿，也就是肛周脓肿。肛周脓肿一旦形成需要切开引流，肛瘘外口已经形成，由内口经窦道到达外口则肛瘘完全形成。形成后肛瘘不会完全愈合，会反反复复，外口愈合后会引起肛门周围再次形成脓肿，然后破溃，反复发作，以致疾病不能愈合。必须经手术将内口、外口和窦道完全敞开，肛瘘才能彻底愈合。
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