不动杆菌的治疗相对比较困难，因为其耐药性呈上升的趋势，比如对环丙沙星、氨苄西林、头孢唑林以及氯霉素等，都有较强的耐药性。相对来说，可以选择耐药率比较低的抗生素来治疗，比如亚胺培南-西司他丁、头孢他啶、头孢哌酮舒巴坦、氨苄西林舒巴坦、哌拉西林他唑巴坦以及阿米卡星等，还可以选择替卡西林克拉维酸以及新一代的氟喹诺酮类的药物，还可以与利福平联合使用。病情比较严重的患者，必要的时候还可以取分泌物做病原体的培养以及抗生素的敏感试验，来随时调整治疗方案。
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