脂肪胶填充泪沟的弊端其实和脂肪胶或者是其它的材料，如玻尿酸、胶原蛋白、自体脂肪填充泪沟的弊端都一样。由于脂肪胶不会完全存留在体内，而是逐渐的被自身的组织刺激、增生来填充泪沟，所以脂肪胶填充过度的现象相对要好很多。但是由于脂肪胶要在离体的状态下，放置两周左右的时间再进行填充。这期间很容易保持不了无菌的状态，也就是在非正规的机构，很容易导致脂肪胶出现感染的问题。
一旦出现感染的问题，就是将含有细菌的液体或者是脂肪胶的混合物，注射到相应的泪沟位置，就会导致泪沟位置的感染非常严重，就会导致流脓、淌水的现象。如果想要治好势必要进行切开引流，就会在泪沟的位置形成永久的疤痕。脂肪胶填充是一个看上去非常简单的操作，但是里面的各种操作原理非常严格，如果不按照正常的无菌术进行，一旦感染无法进行修复，因为疤痕一旦形成就无法彻底消失。
