一般亚临床甲减对生育影响不大，并且可以正常怀孕，只需要按时复查甲功，如有问题及时纠正即可。患有甲减的患者由于甲减时甲状腺激素分泌减少或激素抵抗，导致基础代谢率降低，内分泌系统发生紊乱，下丘脑、垂体及性腺轴出现异常，则可导致卵巢与子宫的生育功能会下降。
女性月经容易出现失调，排卵会出现异常，同时即使卵子受精也不易着床，所以甲减时女性不容易怀孕。另外，即使怀孕由于孕妇甲减也会引起胎儿神经系统发育异常，严重者还易导致流产。因此，甲减患者建议行激素替代治疗后，使甲状腺功能达到符合标准后再考虑怀孕。
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