抗生素用多了可能造成体内的菌群失调，主要指肠道菌群。肠道的菌群有小部分对人体是有害的，大部分的细菌对人体是有益的，维持正常的菌群比例，对于人体的消化功能是重要的。如果抗生素用多了，出现消化道的症状，比如经常腹泻、腹胀、消化不良，这时可以服用肠道的益生菌制剂，也可以服用中药。这个时候重要的是饮食上要注意吃清淡、容易消化的食物，可以适量的运动。抗生素用多了，如果伴随着抗生素使用的不规范，抗生素治疗的细菌感染，可能不能将细菌完全杀灭，有些细菌感染可能造成慢性的细菌感染。这种情况，要做细菌培养加药敏试验，找出细菌敏感的抗生素，然后足量、足疗程、足够时间，应用抗生素将细菌杀灭，改善临床症状。
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