直肠的检查包括直肠指诊、肛门镜检查、乙状结肠镜检查、电子结肠镜检查。肛门指诊是医生用手指进入患者的直肠，触诊直肠局部是否有异常肿块，肿块的大小、边界、活动度以及质地，退出指套时观察指套是否有染血；肛门镜检查是肛门镜进入直肠，检查直肠下段痔疮的数目、大小，表面的黏膜是否有息肉，是否有糜烂、溃疡等。直肠指诊和肛门镜检查都只能检查距离肛门大约五公分的直肠，而乙状结肠镜和电子结肠镜可以查全部的直肠，检查的项目和肛门镜差不多。
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