肾盂肾炎最常见的感染途径是上行感染，这也是绝大多数肾盂肾炎病人的常见原因，即细菌经过尿道上行到膀胱，继续上行到肾脏的肾盂部位引起感染，从最常见的致病菌大肠埃希菌就可以证实这一点。还有一种感染途径是血行感染。也就是细菌从体内某一处的感染灶侵入血流引起败血症，血流携带细菌到达肾脏的肾盂部位引起的感染，这种类型的感染比例比较低，占到3%以下的比例。还有一种极其少见的情况是通过淋巴道的感染，这种情况主要与下腹部或者盆腔的器官与肾脏相通，细菌在相关的部位发生感染的时候，通过淋巴道进入肾盂引起感染。
