如果在人体骨骼上出现了小钙化灶，一般是由于骨骼出现感染导致的，常见的是局部结核菌感染。当发生骨结核后，局部骨骼会被结核菌破坏，但其破坏能力是有限的。一旦结核菌被自身免疫或外界干预清除后，在骨骼被破坏的局部就会留下小钙化灶，这也是常见的骨骼出现小钙化灶的原因。如果在软组织上出现小钙化灶，都是由于软组织的慢性劳损导致的，例如韧带钙化、经常反复活动肢体，尤其是机械性活动，很容易导致软组织出现轻微损伤。在损伤没有痊愈时，如果反复再次受到损伤，局部会形成慢性炎症。慢性炎症常年不痊愈，再加上身体机能逐渐退化，就会局部形成小钙化灶。
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