女性甲减常见的原因是自身免疫性甲状腺炎，其中最常见的是桥本氏甲状腺炎，桥本氏甲状腺炎是因为机体自身产生了异常的抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体、甲状腺球蛋白抗体，这些抗体会产生细胞毒性作用，损伤甲状腺组织细胞，从而导致甲状腺合成和分泌的甲状腺激素减少，产生甲减。其它常见的还有产后甲状腺炎，也是与自身免疫因素相关，包括妊娠期免疫耐受、产后免疫反弹等因素，多发生在分娩或流产后一年内，但是这种甲减往往呈一过性，大部分病人可以自行恢复。其它的原因还包括手术或者抗甲状腺的药物所导致的甲减、亚甲炎导致的甲减，比较少见的是垂体或者下丘脑功能异常所导致的甲减。
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