长期应用碘伏可能会产生耐药或对人体正常菌群产生损害，长期应用碘伏，除对污染或者感染病菌进行消毒，对周边正常组织、正常菌群也产生破坏，容易导致该区域有真菌产生。
因此通常情况下如果确实有感染症状，要考虑是否清创不彻底或者感染源头未处理，此时要进行外科干预。如果皮下有脓肿要切开，甚至创口只是表面愈合，内部仍有感染灶，要建立完好、顺畅的引流装置，才能解决感染问题，避免长期应用碘伏。
