肛周脓肿是肛肠的感染性疾病，在进行诊断和治疗时，需明确肛周脓肿是否是表浅软组织感染，如果是毛囊炎或皮脂腺囊肿感染导致肛周脓肿，治疗相对简单。如果脓肿已明确形成，应及时切开引流，并放置引流条、引流片等将脓肿分泌物及时排空，并配合应用全身抗生素，脓肿或肛周感染大多能很快控制。
有时肛周脓肿由肛瘘等特殊肛周感染性疾病造成，主要特点是在肛门口有一个外口，在直肠或肛管附近还可有一个内口，在两个管道口间会形成一个窦道，在窦道形成过程中，肛瘘会使肛周脓肿不易愈合，长期有脓性分泌物。对于此类肛周脓肿需进行切开引流，但如果是反复的肛周脓肿应警惕是肛瘘的可能。可将肛瘘彻底切开，使新生肉芽组织由内向外生成，才可治愈肛瘘，肛周脓肿也会随之消失。
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