甲减最常见的原因，是由于甲状腺本身疾病，导致甲状腺合成、分泌甲状腺激素减少，引起甲状腺功能减退，称为原发性甲减，占所有甲减的95%以上，病因主要是桥本甲状腺炎、甲亢放射性碘治疗后、甲状腺手术之后。桥本甲状腺炎，又称为慢性淋巴细胞性甲状腺炎，是机体产生针对甲状腺的抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体，简称TPOAb，以及甲状腺球蛋白抗体，简称TGAb，尤其是TPOAb，会破坏甲状腺，导致甲状腺分泌甲状腺激素的能力下降，引起甲减。除了原发性甲减，还有继发性甲减，比如各种原因引起垂体促甲状腺激素TSH分泌减少，从而导致甲状腺分泌甲状腺激素减少，其中最常见的是腺垂体功能减退引起的甲减。当然，还有其他很少见的原因，也会引起甲减。
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