男性彩超能够对泌尿和生殖两个系统的常见疾病进行初步的诊断，例如肾上腺疾病、肾脏疾病、输尿管疾病、膀胱疾病，还有前列腺、精囊腺、阴茎、睾丸以及附睾。常见的疾病包括肿瘤、先天畸形、结石、结核、炎症、损伤、血管性疾病，以及一些功能异常和不孕不育症等。
应用最广泛的是常见疾病，比如结石、肿瘤、炎症，但是一些少见疾病，尤其在泌尿、生殖系统方面，比如阴茎血流、精索静脉的问题，及前列腺、精囊腺的常见疾病，都能够做出一些初步的诊断，同时可以与其他系统或者周围器官组织进行鉴别。不过彩超总体来讲是一个比较初步和粗略的检查，分辨率有限，也不能提供三维图像，因此有一些比较详细的检测，还需要用CT、核磁等来进行弥补。
