月经周期紊乱病因比较多，常见原因有神经内分泌功能失调，比如下丘脑-垂体-卵巢性腺轴功能失调或者有缺陷导致月经周期紊乱。妇科炎症或者肿瘤会导致月经周期紊乱，比如子宫肌瘤、子宫内膜炎等疾病。如果患者长期处于精神压力比较大或者长期处于身体比较疲劳的状态、经常的熬夜、营养不良、饮食不规律，都可能会导致月经周期紊乱。如果患者经常吃滋补性的食品或者保健品，也会导致月经出现紊乱。也有部分患者乱用激类药物，比如经常吃避孕药就会导致月经周期出现紊乱，甚至出现闭经。
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