女性在来月经的时候发生疼痛，与血清当中的雌二醇浓度变化有关系。由于女性的生理特点，在月经前后，血清当中的雌二醇浓度降低，会引起颅内外血管以及子宫血管对某些因素物质更加敏感，从而引起血管张力的改变，使一部分对此敏感的患者发生头痛。在月经过后，血清当中的雌二醇浓度恢复至正常，病人的头痛就会缓解。还有一种可能性存在，雌激素可以通过刺激泌乳素分泌，直接或者间接刺激前列腺素的分泌，而引起前列腺素作用于血管，引起血管的收缩和扩张，这种作用是由于雌激素的影响，也呈现周期性的变化，从而激发头痛发作。
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