尿路感染通常有两个途径，最常见的途径是逆行感染，也就是病原体包括细菌、支原体、衣原体、病毒等，经过尿道口进入到尿道引起尿道炎，而后引起膀胱炎，再向上可以逆行引起肾盂肾炎。另外一个途径是细菌由其他器官组织，经有血液直接侵犯泌尿系统，最常见的是引起肾盂肾炎，也就是上尿路感染。泌尿系统和肠道虽然很接近，但是是两套不同的系统，肠道是食物经过的途径，最后形成粪便。泌尿系统是过滤血液中的废物和水分排出体外的排泄系统，因此感染途径是不同的。肠炎一般是病从口入，大多数是由口腔经过食物而导致的，与泌尿系统的感染机理是完全不同的。
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