龟头流脓并出现小便刺痛时，如果脓液比较黏稠、色黄，很有可能是感染了淋病，由淋病双球菌所导致。一般患者尽快使用抗生素进行治疗即可，常用的抗生素有头孢曲松钠、大观霉素或者壮观霉素，这两类药物对邻近双球菌具有比较特异性的治疗作用，其他可以选择的药物还有左氧氟沙星、莫西沙星、头孢地尼等。
患者在治疗期间不要喝酒，不要同房，不要吃辛辣刺激的食物。淋病双球菌一般是通过性接触传播，属于性病。因此，患者在进行治疗的同时，性伴侣或者配偶也应该尽快进行检查。
如果龟头脓液比较稀薄，颜色偏白，小便刺痛程度也较轻，患者可能是得了非淋球菌性尿道炎，致病微生物往往是支原体、衣原体，也可以是霉菌滴虫以及病毒等。非淋球菌性尿道炎患者，多使用大环内酯类抗生素进行治疗，比如阿奇霉素、多西环素、米诺环素等。
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