环磷酰胺最主要的副作用是骨髓抑制，其中白细胞减少最常见，经常在用药后1-2周，大多在2-3周后恢复。环磷酰胺对血小板的影响比较小，胃肠道反应也是环磷酰胺的副作用之一，包括食欲减退、恶心及呕吐。环磷酰胺另一个比较常见的副作用是泌尿道反应，可导致出血性膀胱炎，主要表现为膀胱刺激征，如尿频、尿急、尿痛、少尿、血尿及蛋白尿，环磷酰胺的副作用还包括口腔炎、脱发、肝炎、肺纤维化以及皮肤色素沉着。所以骨髓抑制、感染、肝肾功能不佳者禁用或慎用，对环磷酰胺过敏者禁用，妊娠期和哺乳期妇女禁用。
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