院内获得性肺炎最常见的致病菌，多为内源性菌、院内耐药菌，或者是混合菌株，有时少见的为机会菌，其中需氧革兰阴性杆菌占52%-63%。首先，最常见的是铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯杆菌、肠杆菌属（大肠杆菌及其它肠杆菌）、鲍曼不动杆菌。其次，为流感嗜血杆菌、变形杆菌、沙雷氏菌，还有嗜麦芽窄食单胞菌。
革兰氏阳性球菌中，首先主要为金黄色葡萄球菌，其次为表皮葡萄球菌、肠球菌。真菌感染占院内获得性肺炎的5%-7%，主要见于免疫功能长期受损，长期应用抗生素的宿主，如曲霉菌、念珠菌，其中包括白色念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌，以及新型隐球菌、毛霉菌等常见病原菌，多数20%-50%的患者检出大于两种以上的病原菌。
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