尿道囊肿要根据位置及大小来处理：
1、尿道的囊肿大多位于尿道口，清亮透明，不影响排尿，但随着生长发育可逐渐增大，男性多见。它属于良性疾病的一种，可以行手术切除，去除囊壁及囊液，即可达到完全治愈的目的，需要住院治疗。切除囊肿后需要留置尿管5-7天，避免后期瘢痕愈合过程中引起尿道外口的狭窄。
2、如果是尿道内的囊性结构，通常不称为尿道囊肿，而称为尿道憩室，可能与感染等因素有关。如果出现憩室，切除相对较为困难，因为切除过程中可能损伤尿道而出现尿道瘘，故需要住院进行造影检查判断位置、大小及是否感染，进行综合处理。通常情况下可以抗感染治疗，观察囊肿吸收的情况，如果囊肿变小或者消失，则继续抗感染治疗或者观察治疗。如果感染加重或者出现压迫症状、尿瘘症状，则建议手术治疗。
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